浙江大學流體工程研究所的前身是流體力學教研室。研究所現有流體力學和流體機械及工程兩個博士點和碩士點，其中流體力學是浙江省重點學科，流體機械及工程是動力工程與工程熱物理國家重點學科的二級學科；同時研究所還是流體動力與機電系統國家重點實驗室的組成部分。流體工程研究所現有教學科研人員24人，其中教授（研究員）16人，副教授（副研究員）7人，實驗崗1人。其中國家級高層次人才2人，浙江大學求是特聘教授2人，國家級青年人才9人。
研究所重點研究方向有多相流及湍流、水動力學、實驗流體力學、微納尺度流體力學、流體機械與工程等，具有基礎性強、應用性廣等特點。近年來承擔包括國家杰出/優秀青年基金、國基金重點項目、國基金重大研究計劃項目、國家重點研發計劃課題﹑國基金面上/青年項目、浙江省杰出青年基金/重點項目等在內的縱向科研項目60余項，橫向項目100余項，獲國家、省部級獎勵20余項。沈天耀教授團隊的研究成果獲國家科技進步一等獎、國家科技進步三等獎、國家發明三等獎各1項，其中作為第一完成單位獲得的國家科技進步一等獎填補了我校空白。林建忠教授團隊的研究成果于2006年、2009年分別兩次獲得浙江省科技進步一等獎。沈新榮教授團隊2013年獲國家科技進步一等獎1項。